L'origine de l'aussie commence dans les années 1800, période pendant laquelle des moutons de race mérinos, arrivant de la région basque de l'Espagne, furent exportés en Australie. Les chiens (principalement Bergers des Pyrénées et Catalans) qui accompagnaient les bergers et conduisaient les troupeaux, furent alors croisés par les australiens à leurs races déjà présentes sur le continent, pour leurs nombreuses qualités de travail de conduite.
Lors de la ruée vers l'or, les australiens emmenèrent avec eux leurs précieux auxiliaires aux États-Unis.
Ces "little blue dogs" (petits chiens bleus) qui accompagnaient les moutons firent sensation dans les fermes américaines. Leurs qualités et capacités de travail les rendirent très populaires dans l'ouest et le nord de l'Amérique. Les américains commencèrent alors une sélection en les croisant avec différentes races de chiens de bergers qui étaient déjà présentes sur le territoire: berger anglais (bobtails), berger écossais(colley), border collie. Cette sélection mena à la création des bergers australiens.
C'est vers les années 1950 que Jay Sisler, originaire de l'Idaho, les rendit célèbres dans tous les États-Unis lors de ses démonstrations de rodéo pendant lesquelles il montrait un spectacle de chiens savants. Ses chiens sont d'ailleurs apparus dans plusieurs films des studios Disney. Grâce aux Sisler, dont la production contribua grandement au développement de la race, le berger australien continua de se développer et le type s'améliora pour ressembler à l'aussie d'aujourd'hui.